Пришельцы решили совершить массированный налет на мирный благополучный Ретровилль! В то время, как Джимми развлекался в луна-парке со своими друзьями, инопланетяне обрушились с небес, похитив при этом родителей всех детишек! Жизнь без строгих пап и мам, поначалу казавшаяся раем, стала совершенно невыносимой и тоскливой. Отважный Джимми Нейтрон решает спасти любимых родителей из инопланетного плена!
Джимми и Синди - самые умные ребята в школе, они вечно что-то изобретают, пытаясь обогнать друг друга. На этот раз в их руки попадает карта морских сокровищ, но чтобы добраться до них, ребятам придется поработать вместе и построить подводную лодку.