Действие игры происходит в 2072 году, 20 лет спустя после событий оригинального Deus Ex и мировой экономической катастрофы, известной как Большой Коллапс. Вам отводится роль Alex D, усовершенствованного нано-технологией агента, которому/которой пришлось в спешке спасаться из Чикаго. Похоже, что некий террорист-смертник взорвал детонатор с разрушительным нано-веществом в самом центре Города ветров с единтсвенной целью стереть с лица земли Академию Тарсус - специальный центр подготовки таких агентов, как Алекс. В роли Алекс вам придется выбрать одну из сторон и использовать все свои способности в этой высокотехнологичной, ужасной, тайной войне.