Стюарт Литтл - забавный маленький говорящий мышонок, усыновленный семьей Литтлов. Во второй части фильма в семье Литтлов еще одно пополнение - маленькая дочка Марта. Стюарт, ставший уже законным членом семьи, учится играть в футбол и готовится стать челном команды. У его старшего брата Джорджа - родного сына Литтлов - появляются новые друзья, вне стен родного дома и этот факт очень тревожит Стюарта, у которого по-прежнему проблемы с друзьями. Но однажды в жизнь Стюарта буквально врывается канарейка Маргало. Теперь она становится другом Стюарта, но ей требуется помощь, и отважный Стюарт отправляется через весь город, чтобы справиться с грозным соколом, допекающем Маргало...