Мизаки - ученица шестого класса, недавно переехавшая в Токио, чтобы жить со своей тетей. Она сталкивается с торговым являением под названием Angelic Layer, когда человек может заказать куклу и ее дизайн по своему вкусу. Как только кукла закончена, с помощью специальной технологии с ней можно установить соединение и управлять ей как угодно в пределах поля, называемого layer. В этих полях происходят битвы, чтобы выяснить кто лучше в Angelic Layerе. Мизаки встречает странного человека, известного под именем Икчан, который вовлекает ее в эти игры. В силу какой-то причины человек верит, что у Мизаки есть все шансы на то, чтобы стать одной из величайших игроков всех времен и народов.