С виду Мартин выглядит как совершенно нормальный, здоровый молодой человек. Однако под обыкновенным внешним обликом скрывается самый необыкновенный из когда-либо живших людей. Во-первых, он - гений. Во-вторых, он - взрослый мужчина, несмотря на то, что ему всего пять лет. Но что еще более интересно, Мартин - сын человека-мухи, ученого, чей генный код был изменен в ходе неудавшегося эксперимента. Пройдет какое-то время и эта генная мутация в организма Мартина даст себя знать и выйдет из состояния анабиоза. Мартину (Эрик Штольц) предстоит пережить самую ужасающую трансформацию, какая когда-либо происходила с организмом человека. Компьютерный специалист Бет (Дафна Зунига) - женщина, которая становится единственной опорой Мартина в его борьбе за свою жизнь,борьбе, которая на самом деле даже хуже, чем смерть. Большое количество спецэффектов в фильме «Муха 2» по силе воздействия и выдумке не уступают тому, что было показано в фильме «Муха».