Соник снова вернулся, на этот раз он бегает еще быстрее, умеет летать и обладает недюжинной силой! В своих новых приключениях Соник борется с сумасшедшим доктором Эгманом, который желает создать ужасную империю зловещих роботов. Соник вместе со своими друзьями и банда Эгмана попадают на планету Земля. Здесь у Соника появляется новый друг Крис. Им предстоит найти все Изумруды Хаоса раньше Эгмана, чтобы помешать злодею повергнуть мир в Хаос.
Уйдя от преследования Метарэксов, Соник разворачивает свой космический корабль и берет курс в неизвестную систему. Космо пропала. Похоже Крис каким-то образом замешан в этом. Но Соник готов на все, чтобы вернуть Космо. Эгман и Руж вновь строят коварные планы. Шедоу пытается помочь колонистам одолеть Метарэксов, наследие великого воина Черного Ветра еще живо в нем. На одной из заброшенных планет, где хранится еще один Изумруд Хаоса, Шедоу, Руж и Молли попадают в ловушку.