Дэн, Маручо и Шун попадают в войну между двумя планетами Ниатией и Гандалией. Гандалия использует Бакуганов и людей в войне для того чтобы покорить Ниатию. Они объединяют свои усилия с тремя новыми бойцами: принцессой Ниатии Фабией, другом Дэна — Джейком и гандалианом Рэном, чтобы остановить воинов Гандалии и Двенадцать приказов, а также спасти от уничтожения Ниатию и возможно Землю.