Весь мир потрясает ужасное известие - В Москве взорван Кремль. Президент Соединенных Штатов Америки в причастности к нападению на Кремль обвиняет Международный валютный фонд и его специальных агентов. Специальный агент подразделения "Миссия невыполнима" Итан Хант и другие сотрудники спецотряда остаются без работы и какой-либо поддержки, когда президентом инициируется "Протокол Фантом" и спецподразделение "Миссия невыполнима" ликвидируется. По замыслу президента спецагентов нужно переправить в штаб-квартиру и списать на них теракт в Москве. Но выжить команде агентов в такой ситуации невозможно, и они принимают единственное правильное решение - бежать и попытаться отстоять свое честное имя, а также доказать свою невиновность в происшедшем событии в России.